Desarrollo de programa para biología

El proyecto busca desarrollar un pipeline bioinformático que conecte varias aplicaciones independientes. El objetivo es identificar genomas virales y de bacterias. Técnicamente se trata de conectar la salida del programa 1, como entrada del Programa 2, luego filtrar la salida y alimentar el Programa 3 y así sucesivamente.
Cada programa (1, 2,3, n...) funciona independientemente y podrían estar escritos en python, C, rb, perl...etc.
El pipeline consiste en hacerlos funcionar todos, desde una sola orden con opciones determinadas: