ADN Compararor

El proyecto debe realizar comparación de cadenas de maximo 60 caracteres y minimo 0, realizar un alineamiento global y local con excepciones de ingreso de caracteres que no correspondan a las letras A,G,T,C
Si ingresa más de 60 caracteres también debe mostrar error

El programa lo tengo desarrollado hasta ahí en lenguaje Python

Lo que requiero es que compare con las características anteriormente mencionadas pero desde dos archivos txt los cuales van a estar previamente almacenados en el equipo
Hasta el carácter 60 y mostrar el número de coincidencias y porcentaje
Estos txt tienen un nombre de organismo y el programa también lo debe mostrar a la hora de la búsqueda