Corrigir uma ontologia no Protégé

Olá, preciso elaborar, como parte de um trabalho acadêmico, uma ontologia, uma representação de uma área do conhecimento, a saber uma lei federal que regula um sistema composto por diversos órgãos. Pretendo representar esses órgãos, sua interações, atribuições etc. Atualmente estou desenvolvendo no Software Protégé. Já construí as classes, subclasses, e instâncias e algumas propriedades, porém estou com erros lógicos na estrutura. Gostaria que alguém resolvesse esses problemas para eu focar nas definições etc.