Creacion de un programa web para modificacion de archivos binarios

Soy programador de vehiculos, mi trabajo principalmente consiste en modificar el archivo de un vehículo para conseguir más potencia, me gustaría crear un programa online en el que añadir las diferentes opciones que ofrezco para cada vehículo y que mis clientes suban un archivo a la web indicando que modelo exacto es y tras esto el programa le de las diferentes opciones que se le pueden hacer (todas estas opciones serían previamente creadas) y tras esto, el cliente pagaría para descargar el archivo. Lo más dificil sería que el archivo que sube el cliente es el que debería ser modificado aplicando las diferencias en el archivo necesarias dependiendo de las opciones que haya seleccionado. Adjunto como ejemplo un archivo original y un archivo modificado