Extracción de datos de un Excel a otro Excel en un formato concreto para importar en un software

Tengo un software de facturación al que se le pueden importar facturas en lote subiendo un Excel con un formato concreto de filas y columnas para que sea capaz de reconocerlo y generar las facturas de forma correcta.
Necesito poder hacer esto de forma automática, es decir, teniendo un archivo de origen xls en un formato, poder extraer los datos para montar otro archivo xls con el formato que necesita el software de facturación para leerlo correctamente.