Preliminary EGFR Inhibitor Design

Je démarre la phase préliminaire d’un programme destiné à découvrir de nouveaux inhibiteurs de l’EGFR contre le cancer. À ce stade, je souhaite combiner trois volets clés : génération de fragments, design de novo et docking moléculaire. Le flux de travail reposera sur AutoDock pour le docking, GROMACS pour la préparation et l’optimisation des structures, et Gaussian pour vérifier la cohérence électronique des fragments critiques.

Livrables attendus :
- Une bibliothèque de fragments chimiquement diversifiés adaptés au site actif de l’EGFR (formats : SDF, PDB).
- Propositions issues du design de novo, annotées par leurs interactions clés et scores préliminaires.
- Rapports de docking complets : poses, scores AutoDock, scripts et fichiers de paramètres pour la reproductibilité.

Je fournis la structure récepteur préparée et la zone de ciblage ; vous documentez chaque étape (version des programmes, paramètres GROMACS, options AutoDock, jeux de bases Gaussian) afin que le pipeline puisse être élargi par la suite vers la dynamique moléculaire, le MM-PBSA et les études ADMET. Un petit jeu d’essai livré rapidement permettra de valider la méthodologie avant d’étendre le criblage. Si vous connaissez déjà ces trois outils et avez une expérience sur des cibles kinases, nous pourrons avancer sans délai.