Genoma Bacteriano Expuesto a Estrona
Budget: $15 – $25 USD
Se requiere un profesional en bioinformática o biotecnología molecular para apoyar un proyecto enfocado en la caracterización del genoma completo (WGS) de una bacteria aislada de agua contaminada y expuesta al contaminante estrona (E1).
El proyecto incluye la preparación del entorno de trabajo en Linux (Ubuntu), instalación y gestión de entornos con Miniconda, control de calidad de secuencias FASTQ mediante FastQC, limpieza de lecturas Illumina con Trimmomatic y Cutadapt, ensamblaje del genoma bacteriano con SPAdes y Unicycler, evaluación del ensamblaje con QUAST y BUSCO a través de Galaxy Australia, y anotación genómica con Prokka.
Se espera que el profesional documente los comandos utilizados, interprete los resultados obtenidos y apoye en la redacción técnica de los apartados que le indicaré, con énfasis en genes y rutas metabólicas asociadas a la degradación de estrona.
El perfil requerido corresponde a un profesional con formación en Biotecnología, Microbiología o Bioinformática, experiencia comprobable en análisis de genomas bacterianos y manejo de Linux.
Indispensable que escriba y hable español.
Sea de América Latina: Ecuador, Colombia, Perú, etc..
El proyecto incluye la preparación del entorno de trabajo en Linux (Ubuntu), instalación y gestión de entornos con Miniconda, control de calidad de secuencias FASTQ mediante FastQC, limpieza de lecturas Illumina con Trimmomatic y Cutadapt, ensamblaje del genoma bacteriano con SPAdes y Unicycler, evaluación del ensamblaje con QUAST y BUSCO a través de Galaxy Australia, y anotación genómica con Prokka.
Se espera que el profesional documente los comandos utilizados, interprete los resultados obtenidos y apoye en la redacción técnica de los apartados que le indicaré, con énfasis en genes y rutas metabólicas asociadas a la degradación de estrona.
El perfil requerido corresponde a un profesional con formación en Biotecnología, Microbiología o Bioinformática, experiencia comprobable en análisis de genomas bacterianos y manejo de Linux.
Indispensable que escriba y hable español.
Sea de América Latina: Ecuador, Colombia, Perú, etc..